在實際的免疫工作中，疫苗品質、豬體健康狀況、飼養管理水平、母源抗體等因素對口蹄疫疫苗的免疫效果影響較大。因此，口蹄疫免疫程序應考慮以下問題：
n免疫密度：必須做到100%；
n加強免疫母豬可有效保護仔豬；
n初免時間：考慮母源抗體的干擾；
n加強補免和普免：彌補漏免動物和免疫應答不好的動物。
1、免疫密度——保證100%
口蹄疫為動物烈性傳染病，具有傳染性強、發病率高、傳播速度快的特點。動物體內的中和抗體水平決定了機體抵抗野毒侵害的能力。若豬群中存在沒有免疫的個體，野毒入侵時首先感染無中和抗體的個體，病毒進而大量復制并通過發病豬排毒，當群體免疫力下降或出現免疫空白期時，群體發病率會快速上升。因此，口蹄疫免疫密度必須做到100%，不要在群體中殘留”定時炸彈“。
2、加強母豬免疫——基礎免疫+跟胎免疫
加強母豬免疫口蹄疫疫苗有兩個目的，一是讓母豬獲得有效保護，二是為初生仔豬提供高水平的母源抗體使其獲得有效保護。因此，母豬在基礎免疫的基礎上配合跟胎免疫可有效保護仔豬。
3、初免時間——考慮母源抗體的干擾
當仔豬體內含有高水平的母源抗體時會干擾口蹄疫疫苗的免疫效果，此時進行疫苗的免疫基本上不會產生中和抗體。因此，要根據母源抗體的消長規律合理確定初免時間。 豬場口蹄疫免疫程序制定——“科學合理很關鍵“
4、二次加強免疫——很關鍵
口蹄疫滅活疫苗初次免疫主要刺激機體產生免疫記憶，中和抗體水平產生一般較低；二次加強免疫可更高效效刺激機體產生免疫應答，產生高水平的中和抗體。 豬場口蹄疫免疫程序制定——“科學合理很關鍵“
5、母源抗體持續期——取決于母豬的免疫
母源抗體的持續期的長短跟母源抗體的初始滴度有關；母源抗體半衰期常數：14-15天。 豬場口蹄疫免疫程序制定——“科學合理很關鍵“
（一）母豬免疫程序：
（1）普免
方案1：一年免疫三次（定期免疫）；
方案2:9月份首免、10月份二免、2月份初三免
（2）跟胎免疫：產前45天左右。
（二）仔豬免疫程序：
（1）根據母源抗體水平確定最佳首免日齡；
（2）推薦45-60日齡首免，一個月后加強免疫；
（三）育肥豬免疫程序：
感染壓力較大時考慮第三次加強免疫，150日齡左右（或出欄前一個半月）。（資料來源：王海春 中牧生物）